Фитопланктон реки Вологда в черте города представлен 48 видами. Это диатомовые, зеленые, синезеленые, золотистые, криптофитовые, эвгленовые и динофитовые водоросли. Наиболее многочисленны диатомовые, зеленые и синезеленые водоросли. Синезеленые водоросли при продолжительной теплой безветренной погоде могут значительно разрастаться и вызывать «цветение» воды. При этом вода реки окрашивается в сине-зеленый цвет.